По военно-политическим причинам, город Агсу со стороны внутренних и внешних врагов неоднократно подвергался разрушениям, и таким образом официальной столицей Ширвана становились то Шемаха, то Фитдаг. И таким образом периодически превращающийся в арену  для боевых действий и многократно подвергающийся разрушениям город  Агсу , в последний раз в 1806-ом году в преддверии нападения Каджаровской армии, под командованием Аббас Мирзы, для предотвращения очередного вражеского  нашествия, хан Ширвана Мустафа хан переселив жителей, разрушил город, таким образом положил конец его существованию. 

Городская планировка средневекового города Агсу имела форму прямоугольника, и охватывала территорию площадью 39, 8 га. Город  имел мощную оборонительную систему, так как был окружен  глубоким рвом и земляным валом. Вокруг памятника обнаружены  4 городских кладбища. Из них лучше всего сохранилось северо-западное кладбище. В относящемся к концу   XVIII века кладбище в основном захоронены знать и, в основном, представители из рода  Ширванского правителя.

Первые исследования исторического памятника были начаты в 1983 году археологической  Агсу-Исмаиллинской  экспедицией.  С марта  2010 –го года, при содействии Общественное Объединение МИРАС и на благотворительные средства представителей данного региона,  археологическая экспедиция Агсу Института Археологии и Этнографии начала проводить  здесь широкомасштабные археологические исследования. Из пяти археологических площадей было исследовано до 9000 м . Ныне в Агсу проводятся широкомасштабные археологические исследования. Руководство экспедиции параллельно с археологическими работами, для наилучшего сохранения для будущих поколений обнаруженных предметов, проводит здесь и их консервацию. В этом году было открытие выставочного комплекса «Средневековый город Агсу: ремесленный квартал». Самой привлекательной  чертой данного музея является его нахождение на месте археологических раскопок. Музей отражает жизнь средневекового ремесленного квартала. Музей привлекает внимание и  туристов прибывших в Азербайджан в год туризма.