XI-XII вв. период  расцвета города. Гармоничное развитие города было нарушено нашествием монголов. 1235 г. несмотря на мужественную оборону, город был захвачен, и монголы учинили здесь жестокую резню. 

После данных событий во всех сферах городской жизни наблюдается упадок, и в дальнейшем  город  так и не оправился от разрушений. 

Развалины средневекового города Шамкира  находятся по левому берегу от реки Шамкирчая, севернее селения Мухтариййа Шамкирского района.  Описание археологического памятника показывает, что данному поселению были присущи  непременные признаки городов средневековья с равнинным местоположением. Созданный в 2007 году топоплан позволяет судить о том, что город имел форму близкую к квадрату.

Единый проект широкомасштабных археологических работ на месте средневекового города Шамкира проводится Институтом Археологии и Этнографии НАН совместно с Общественным Объединением Регионального Развития и Министерством  Культуры и Туризма Азербайджанской Республики.  

В средневековом городе Шамкире архитектура и строительство достигло своего наивысшего расцвета. В результате археологических работ были обнаружены многочисленные строительные материалы, в том числе и оборонительные и гражданские сооружения, а так же  инженерные конструкции для обустройства  города. Обнаруженные археологические находки разнохарактерные: орудия труда, оружие, железные, керамические, стеклянные, костяные и каменные изделия, украшения и монеты.

Шамкирские археологические находки показательны тем , что отражают различные этапы развития города, его оборонительную систему, жилые и общественные постройки, а так же дает новую информацию  о хозяйстве и быте городского населения. Шамкирская археологическая экспедиция,  из-за опасности обрушения обнаруженных построек, проводит работы по их консервации.