Şəmkir şəhərinin inkişaf ahəngi monqol yürüşləri ilə pozulub. 1235-ci ildə inadlı müqavimətdən sonra şəhəri ələ keçirən monqollar burada böyük qırğın törədib, əhalini qılıncdan keçiriblər. Bu hadisədən sonra şəhər tənəzzül edib, bir daha özünə gələ bilməyib. 

Orta əsr Şəmkir şəhərinin xarabalıqları Şəmkirçayın sol sahilində, Şəmkir rayonunun Muxtariyyə kəndinin şimalında yerləşir. Abidənin təsviri onun orta əsr düzən şəhərlər üçün səciyyəvi olan bütün əlamətlərə malik olduğunu göstərir. Şəhər yerinin 2007-ci ildə çəkilmiş topoplanı şəhərin dördbucaqlıya yaxın plan quruluşunu müəyyənləşdirməyə imkan verir.

Orta əsr Şəmkir şəhər yerində genişmiqyaslı arxeoloji qazıntılar Azərbaycan MEA Arxeologiya və Etnoqrafiya İnstitutu, Regionların İnkişafı İctimai Birliyi və Azərbaycan Respublikası Mədəniyyət və Turizm Nazirliyinin birgə layihəsi olaraq həyata keçirilir. 

Orta əsr Şəmkir şəhərində memarlıq və inşaat sənəti yüksək inkişaf mərhələsinə daxil olub. Arxeoloji qazıntılar nəticəsində xeyli tikinti qalıqları, o cümlədən istehkam tikililərinin, mülki tikililərin qalıqları, şəhər abadlığı ilə bağlı mühəndis qurğuları üzə çıxarılıb. Arxeoloji qazıntılardan əldə olunmuş tapıntılar müxtəlif xarakterlidir: əmək alətləri, silahlar, dəmir məmulatı, metal məmulatı, keramika, şüşə məmulatı, sümük və daş məmulatı, bəzək əşyaları, sikkələr.

Şəmkir şəhərində aparılan arxeoloji qazıntılar şəhərin inkişafının müxtəlif mərhələləri, onun müdafiə sistemi, yaşayış evləri və ictimai binaları, şəhər sakinlərinin məişət və təsərrüfatı haqqında yeni informasiyanın əldə olunması ilə əlamətdardır. Şəmkir arxeoloji ekspedisiyası uçmaq təhlükəsinin yüksək olduğu tikililərdə konservasiya işləri aparmaqdadır.